W sprawie chronologii powstawania modlitw przyjmowano narzucającą się tezę, że najpierw Gertruda zapełniała swoimi tekstami puste miejsca w Kodeksie Egberta, a dopiero, gdy ich zabrakło - kazała doszyć nowe składki. Wynikałoby z tego, że jako pierwsza mogła być wpisana modlitwa 43 i kolejne, aż do sto piątej, a dopiero potem powstałyby modlitwy od 1 do 42. Kłóci się to z tezą, że terminum ad quem powstawania modlitw była data śmierci Jaropełka-Piotra, gdyż modlitwy w jego intencji to 67 (o pokutę i żal za grzechy) oraz 99 i 101 (o ocalenie podczas wojny). Tymczasem przy modlitwie nr 1 (znajdującej się na Folia Gertrudiana) widnieje żywy Jaropełk wraz ze swoją żoną Ireną.
     Wszystko to wskazuje, że inna była w rzeczywistości chronologia powstania modlitw Gertrudy i że inaczej należy ustalać i czas, w którym Gertruda spisywała swoje modły, i ich kolejność w modlitewniku. Próbę taką podjęła - o czym już wspominano - T.Michałowska w swojej monografii, poświęconej Gertrudzie. Z jej ustaleń wynika, że można wyróżnić pięć okresów, w których Gertruda spisywała swój Modlitewnik.

Rok 1075. Rzymska misja Jaropełka-Piotra

     Liber precum Gertrudy Mieszkówny otwierają dwie uroczyste modlitwy do św. Piotra, wpisane wokół podobizny Apostoła na pierwszej miniaturze (druga z nich kończy się już na następnej karcie). Są to modlitwy przebłagalno-błagalne, gdyż Gertruda prosi w nich o odpuszczenie grzechów (wszak św. Piotra jest symbolem Bożego przebaczenia i pokuty) oraz (w modlitwie drugiej) o potrzebne łaski, tak duchowe jak i ziemskie.

Obie modlitwy zbudowane są na wzór kolekty (modlitwy rzymskiej): najpierw jest wezwanie - samego Boga w modlitwie pierwszej i Księcia Apostołów w drugiej - następnie przez zaimek qui przywoływane są określone wydarzenia historiozbawcze, by potem za pomocą zaimka per wprowadzić konkretne prośby orantki. Pierwsza z modlitw kończy się chrystologiczną konkluzją qui vivit, co w XI w. stanowi pewną nowość. Modlitwa druga ma charakterystyczne dla poezji łacińskiej rymy, nazywane homoioteleuta, i rytmy:

Sancte Petre, princeps apostolorum,
qui tenes claves regni caelorum,

     Według M. H. Malewicz był to własny Gertrudy sposób indywidualizowania tekstów przejętych skądinąd. Odnosić się to może także do omawianych dwóch modlitw, gdyż podejrzewa się, że mogły one zostać przepisane z jakiegoś kodeksu, wskazywać na to mogą spotykane często w średniowieczu incipity tych modlitw. Zwraca się też uwagę, że pierwsza modlitwa jest bardziej „oficjalna” - Gertruda przemawia w niej w imieniu pewnej zbiorowości; w następnej modlitwie prośby dotyczą już jej samej.
     T.Michałowska w swojej monografii przekonuje, że tymi tekstami Gertruda otwiera swój modlitewnik i że powstały one podczas rzymskiej misji Jaropełka, i dlatego Księżna zdecydowała się na naruszenie istniejącego już wtedy schematu kompozycyjnego prywatnych modlitewników, wszak od ówczesnego papieża Izjasławowie oczekiwali wyratowania z dramatycznej sytuacji, w jakiej znajdowali się w 1075 roku.

Ponadto Książę Apostołów był patronem najmłodszego syna, którego - zapewne z inicjatywy Gertrudy - wyprawiono w trudną i niebezpieczną misję do Rzymu. Należy jednak zauważyć, że obydwie omawiane modlitwy nie noszą żadnych nawet śladów aluzji do tych wydarzeń; pełna jednak tych aluzji jest miniatura, którą modlitwy okalają.
     Kolejne modlitwy zdają się świadczyć, że Gertruda pragnęła respektować konwencjonalny schemat prywatnego Liber precum. Jako trzeci tekst mamy rzymski introit (modlitwa na wejście kapłana na początku sprawowania Mszy św.). Łączność teologiczną z poprzednimi modlitwami zapewnia temat Kościoła. W modlitwie tej, mającej także charakter przebłagalno-błagalny, znajdujemy wezwania Trójcy Świętej, Matki Bożej, św. Michała Archanioła i wszystkich świętych. Kolejne modlitwy zachowują ten plan: Do świętego Michała (IV), Do wszystkich aniołów (V), Do apostołów, ewangelistów i uczniów Chrystusa (VI). Tradycyjne są także prośby kierowane do wszystkich tych osób. I tak, św. Michała Gertruda prosi o wstawiennictwo za sobą i tymi, którzy jej coś zawinili, o dobrą śmierć oraz o otwarcie bramy raju w chwili śmierci. Jest to zgodne z pobożnym przekonaniem, że Książę Aniołów stoi na straży nieba. Do wszystkich aniołów (nie wyłączając archaniołów ze św. Michałem) Księżna prosi o opiekę na ziemi. W drugiej części modlitwa przybiera formę bardziej dramatyczną; Gertruda błaga w niej o obronę przed szatańską złośliwością i przeciwnością ludzi. Podobny charakter ma cała kolejna modlitwa - mowa jest w niej o nieszczęściach, udrękach i nieprzyjaciołach. W tym miejscu tekst się urywa, gdyż brakuje dwóch kart, mogących pomieścić ok. 90 linijek tekstu; dałoby to kilka modlitw przeciętnej długości.

Na najbliższej ocalałej karcie (7r) cytowany już tekst (VII) rozpoczyna się od słów: averte cor regis... Jest to - przypomnijmy - tekst bardziej osobisty, dość chaotyczny, pełny zagadkowych aluzji, a prośby do Boga kierowane są z dramatyczną natarczywością. Pierwsze pytanie, jakie się tu pojawia, dotyczy tożsamości króla, dla którego Gertruda prosi o odwrócenie serca od nienawiści, niechęci i gniewu oraz o przychylność dla nieznanego sługi Bożego. Gdy chodzi o króla, często myślano o polskim Bolesławie Śmiałym, który od 1076 roku był królem (B. Kürbis) lub o Izjasławie, niekiedy tytułowanym królem, np. w liście Grzegorza VII, (W. Meysztowicz). Jednakże, jak przekonująco udowadnia T. Michałowska, „królem, którego w pierwszej połowie 1075 roku mogła obawiać się Gertruda i który mógł zagrażać Jaropełkowi-Piotrowi, był natomiast Henryk IV” . Otóż w 1075 roku Henryk był „tylko” królem niemieckim, i tak go tytułują niemieccy kronikarze z Lambertem na czele - na cesarza koronował go antypapież Klemens III w 1084 roku, już po usunięciu Grzegorza VII. „Sługą Bożym N” był najpewniej Izjasław, który miał stanąć przed Henrykiem w związku z poselstwem Burharda na Ruś. Niewykluczone też, że Gertruda myślała tu o Jaropełku, którego rzymska misja mogła być odczytana przez Henryka jako akt zdrady.
     Kolejne modlitwy zawarte na folia Gertrudiana zdają się już wyraźnie odnosić do samej Gertrudy, Jaropełka-Piotra i ich wzajemnych relacji. Wszystkie teksty przenika atmosfera poczucia zagrożenia i osaczenia przez wrogów. Oprócz zrozumiałego lęku o syna, Gertruda obawia się także o jego posłuszeństwo względem siebie.

Wyraźnie o tym mówi w modlitwach do św. Heleny - pragnie bowiem, aby Jaropełk był jej równie uległy, jak cesarz Konstantyn (według pobożnej legendy) był posłuszny swej świętej matce.
     W tej grupie modlitw (VIII - XIII), wyróżniających się kompozycją osnutą wokół za każdym razem tych samych wersetów psalmów (3,2; 12,1;122,1), zwracają też uwagę pewne ważne akcenty teologiczne. Oto w omawianej już modlitwie VII mamy wezwanie Boga Abrahama, Izaaka i Jakuba. Wskazuje to, jak pisze B. Nadolski, na anamnetyczny charakter modlitwy, podobnie jak charakterystyczne dla liturgii rzymskiej, kausalne qui, i służy przypomnieniu działania Boga w historii zbawienia i niejako prowokuje miłosierdzie Boże do działania „tu i teraz”. W modlitwie następnej aklamacja święty, święty, święty mocny, święty a Nieśmiertelny, (pochodząca z tzw. Trishagionu lub prefacji mszalnej) jest wyraźnie usytuowana chrystologiczne, na co wskazuje dodanie słów: qui tollis peccata mundi (Agnus Dei - Chrystus). Wiadomo bowiem, że Trishagion może być interpretowany zarówno trynitarnie jak i chrystologicznie. Chrystologiczna jest zresztą wymowa wszystkich wymienionych tekstów: w modl. IX jest mowa o pięknie oblicza Chrystusa, w modl. XI wspomina się mękę Pańską, w modl. VII zawarta jest prośba - na której niezwykłość zwracano już uwagę - cogita de me - „pomyśl o mnie”. Warto też zwrócić uwagę, że często anamnetyczna cześć modlitw (wprowadzana zaimkiem „który”), odnosi do Jezusa Chrystusa figury pochodzące z Księgi Psalmów.

     Po tej grupie tekstów - przebłagalnych i błagalnych - następuje cały szereg modlitw w intencji Jaropełka-Piotra (XV - XVIII). Swoiście pośredni, jeśli chodzi o formę, jest tekst nr XIV; nie ma już w konkluzji wymienionych psalmów, lecz najbardziej tradycyjne Per [Dominum nostrum Ihesum Christum]. Podobnie zaś jak w pozostałych modlitwach tej grupy, Gertruda prosi o odpuszczenie win i usunięcie udręk, lecz zwraca uwagę cel prośby - ut exulta ab omnibus malis semper delecter exultare (abym uwolniona od wszelkiego zła zawsze przyjemnie się weseliła). Modlitwy „jaropełkowe” (XV - XVIII), w których Gertruda prosi - przypomnijmy - o opiekę nad synem w czasie jego poselstwa do Rzymu oraz o posłuszeństwo syna wobec siebie, zawierają także szereg ważnych akcentów teologicznych i filozoficznych. Przede wszystkim znów zwraca uwagę znakomita chrystologia księżnej kijowskiej. B. Nadolski pisze, że obok mocnego podkreślenia deitas Syna Bożego, co jest zgodne z dotychczasową tradycją teologiczną, w której podkreślano (przeciwstawiając się herezji ariańskiej) wielkość i moc Chrystusa-Pantokratora, w modlitwach Gertrudy „znajdujemy drugi trend, podkreślający humanitas Jezusa Chrystusa, nurt, który tak silny wyraz znajdzie w działalności św. Franciszka z Asyżu”. Znajdująca się w tej grupie seria modlitw do św. Heleny, matki cesarza Konstantyna Wielkiego (XVI, XVII, XVIII) wskazuje ponadto na znajomość przez naszą autorkę legend, podobnych do tych, jakie zamieścił Jakub de Voragine w swojej Złotej legendzie, chodzi więc o nawrócenie cesarza Konstantyna, o znalezienie drzewa Krzyża świętego, o jedną z wersji legendy o św. Cyriaku (lub Kyriaku).

     O dramatyczności sytuacji Gertrudy podczas spisywania tych modlitw, oprócz samej ich treści, (np. modl. XIX i XX), świadczyć może ich styl: uderza niestaranność i chaotyczność zapisu pobawiona dbałości o kaligrafię i czytelność - w tekście roi się od skreśleń i poprawek. Dotyczy to może szczególnie ostatniego (według Wydawców) tekstu tej części folia Gertrudiana (składki II i III), zawartego na odwrocie karty 8. Słusznie jednak T. Michałowska dostrzega w nim szereg osobnych modlitw. Modlitwy te zawierają wiele problematycznych aluzji odnoszących się do różnych osób. Wydawcy modlitewnika obstają przy żeńskiej formie licznych sformułowań, informując jedynie w przypisach o nadpisanym „i” nad „ę”. Jeśli - tak jak T. Michałowska - uznamy to za poprawki Gertrudy, wtedy aluzje zawarte w modl. XXI, 5-6; XXII, 10-11; XXIII, 5-6; XXIV, 8; XXV, 8; XXVI, odnosić się będą do Henryka IV, Izjasława lub Jaropełka. Zdani jesteśmy na domysły proponowane przez T. Michałowską w jej książce o Gertrudzie. Jeśli pozostaniemy przy formie żeńskiej, wtedy będziemy zmuszeni szukać takich rozwiązań jak te, które zaproponował W. Meysztowicz (i podzielał je K. Górski), widząc np. w tych modlitwach echo konfliktów Gertrudy z matką Izjasława, szwedzką księżniczką Ingrydą, zmarłą w 1050 roku. Przy takim założeniu jednak należałoby przyjąć, że modlitwy te powstały znacznie wcześniej - wtedy jednak nie znajdziemy uzasadnienia dla tak dramatycznych próśb w intencji Jaropełka. Zbyt mało jednak mamy danych, aby rozstrzygnąć tę kontrowersję.